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所蔵場所	請求記号	資料コード	資料区分	帯出区分	状態
閲覧室	/467.3/ﾐ/	117355420	成人一般	可能

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資料詳細

タイトル	ゲノム配列情報解析
タイトルカナ	ゲノム ハイレツ ジョウホウ カイセキ
叢書名	バイオインフォマティクスシリーズ
著者	三澤 計治 ／著, 浜田 道昭 ／監修
著者カナ	ミサワ カズハル,ハマダ ミチアキ
出版者	コロナ社
出版年	2024.8
ページ数	12,289p
大きさ	21cm
一般件名	バイオインフォマティクス
ISBN13桁	978-4-339-02735-8
言語	jpn
分類記号	467.3
内容紹介	ゲノム配列情報解析に必要な、生物学の知識とプログラミングの技術を同時に記載し、プログラミング言語「Python」の解説も加えたテキスト。ゲノム解析で使われるデータファイルのフォーマットも掲載する。
著者紹介	東京大学大学院理学系研究科博士課程修了(生物科学専攻)。博士(理学)。横浜市立大学大学院医学系研究科准教授。

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目次

1.文字とコンピューター

  1.1 コンピューターの仕組み

  1.2 コンピューターにおける文字と符号化

  1.3 圧縮とハッシュ

  1.4 Pythonの利用

  1.5 計算量の評価

  章末問題

2.ゲノム配列決定とDNA

  2.1 DNAの性質

  2.2 複製

  2.3 配列決定

  2.4 k‐mer法

  2.5 デノボアセンブリ

  2.6 マッピング

  2.7 染色体

  2.8 転写とRNA

  章末問題

3.ペアワイズアラインメント

  3.1 最適化問題としてのペアワイズアラインメント推定

  3.2 DNA間のスコア

  3.3 アミノ酸間のスコア

  3.4 最適化問題とその難しさ

  3.5 動的計画法

  3.6 加藤ら(2002)のアルゴリズムとMAFFT

  3.7 Biopythonによるアラインメントアプリケーションの呼び出し

  章末問題

4.分子系統樹推定と多重配列アラインメント

  4.1 進化距離と進化速度

  4.2 進化距離推定をもとにした分子系統樹再構築法

  4.3 多重配列アラインメント

  章末問題

5.機能解析と相同性検索

  5.1 統計的仮説検定

  5.2 ゲノムワイド関連解析による疾患関連遺伝子の探索

  5.3 相同性検索

  5.4 アノテーション

  5.5 ゲノム配列の変化とタンパク質の機能の関係についての今後の展開

  章末問題

付録

  A.1 Pythonの基本文法

  A.2 ファイルフォーマット

  A.3 ベクトルと行列

  A.4 解析関数

  A.5 統計にかかわる関数

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